Il nucleo originario della città risale all’VIII secolo: un gruppo di longobardi, secondo un documento originale datato 713 e conservato nell’Archivio Arcivescovile a Lucca, si stabilì su questo colle ed edificò una chiesa dedicata al martire Miniato. Federico II di Svevia eresse nella città la rocca e vi fece risiedere il suo vicario per la Toscana. Per questa origine germanica la città, di tradizione ghibellina, fu chiamata per tutto il medioevo come San Miniato al Tedesco, nome che è rimasto in uso anche nei secoli successivi.

Dopo aver siglato la pace con Firenze il 31 dicembre 1370, San Miniato adottò il calendario fiorentino in sostituzione di quello pisano e mutò il nome in San Miniato al Fiorentino, e poi semplicemente San Miniato.

Nel 1622 ottenne la cattedra vescovile e quindi la diocesi: fino ad allora faceva infatti parte della diocesi di Lucca.

Il giovane Napoleone visitò San Miniato per ben due volte. La prima fu per avere l’attestato di nobiltà della propria famiglia: i Buonaparte di Aiaccio avevano infatti lontane origini samminiatesi; l’attestato era necessario a Napoleone per poter accedere all’accademia militare francese. Successivamente vi fece ritorno durante la Campagna d’Italia, facendo visita all’ultimo superstite del ramo toscano della famiglia, il canonico Filippo Buonaparte. Una lapide affissa sul palazzo Buonaparte testimonia l’incontro lì avvenuto.

La città rimase nell’orbita fiorentina fino al 1925, quando fu ceduta alla provincia di Pisa.

La seconda guerra mondiale lasciò il segno nella città per via della strage del Duomo. Venne altresì distrutta una buona parte delle costruzioni medievali, tra cui la Rocca di Federico II, prontamente ricostruita negli anni successivi.

Lo stemma e il gonfalone della Città di San Miniato sono stati concessi con l’apposito decreto del presidente della Repubblica datato al 20 ottobre 2014.

Il decreto di concessione prevede un gonfalone bianco con la bordatura di rosso, in precedenza il Comune usava un drappo di rosso.

Il motto della città che compare sotto lo stemma comunale è: Sic Nos In Sceptra Reponis (“Così ci ricollochi nel regno”, oppure anche “Così ci restituisci agli antichi onori”).