Il territorio in passato era ricoperto di paludi e si popolò solo dopo il prosciugamento delle acque, infatti il primo documento in cui viene citata la comunità risale al XVI secolo. In quel periodo il borgo stava iniziando a formarsi nell’orbita della vicina località di Buggiano, parte del Ducato di Firenze, poi Granducato di Toscana. Già dal secolo successivo, tuttavia, Ponte Buggianese iniziò a reclamare la propria autonomia.

Con l’avvento al potere degli Asburgo-Lorena nel XVIII secolo, Ponte Buggianese riuscì a risollevare la propria economia. Grazie ad una serie di riforme messe in atto dal Granduca Pietro Leopoldo si mirava a migliorare le condizioni di vita degli abitanti e a maturare l’assetto territoriale: l’intero territorio pianeggiante e paludoso venne bonificato e venne stabilito che ogni famiglia abitante nel borgo avesse diritto ad una casa. Il potere dei Lorena venne interrotto solo dall’invasione francese guidata da Napoleone Bonaparte, il quale rimase sul territorio fino al 1814, e si concluse con l’unità d’Italia. Nell’ambito delle suddivisioni Granducali il territorio faceva parte della Podesteria di Borgo a Buggiano, Commissariato di Pescia, Governo di Firenze, Provincia fiorentina. Con la Riforma del 1849, successiva all’annessione del Ducato di Lucca, passò al nuovo Compartimento di Lucca, che divenne Provincia col passaggio al Regno d’Italia.

Il comune ottenne l’autonomia dopo il distacco dall’amministrazione di Buggiano, da cui l’appellativo Buggianese, con Regio Decreto del 6 maggio 1883 e divenne parte della provincia di Pistoia nel 1928, ossia un anno dopo la costituzione di quest’ultima.

Lo stemma del comune è stato concesso con regio decreto del 19 ottobre 1897. Si tratta di uno scudo partito: al primo di Borgo a Buggiano, che è d’argento, al bue di rosso, fermo sulla campagna di verde, sormontato da un giglio di rosso; al secondo troncato di argento e di rosso, al giglio sbocciato dell’uno all’altro. Il motto, presente anche nello stemma e nel gonfalone, recita: «Bujano e castro nomen originemque desumpsi» (latino: “Dal castello di Buggiano trassi il nome e l’origine”). Il gonfalone è un drappo di azzurro.