Il toponimo è attestato per la prima volta nel 1187 come Favulia e deriva forse dal latino faba, per cui Fauglia significa “campo di fave”.

Ribellatasi al dominio della Repubblica di Pisa nel 1315 per opera dei conti di Montescudaio, tornò presto all’obbedienza, ma successivamente passò sotto il potere dei fiorentini.

In seguito alla distruzione del castello, nel 1433 ad opera dei fiorentini stessi, il paese andò pian piano strutturandosi come oggi lo si vede, lungo il crinale della collina su cui si distende.

Gran parte degli edifici del centro storico furono costruiti a partire dal 1600 fino al 1800, il periodo di maggiore floridezza economica della zona. I punti d’interesse del paese sono la chiesa e il palazzo comunale (rispettivamente del 1867 e del 1875) e il campanile della chiesa vecchia risalente al XVII secolo. Recentemente sono stati rinvenuti, in corrispondenza dell’antica piazza del mercato, alcuni antichi depositi di granaglie, di cui uno è ancora visibile.

Fin dal 1400 la storia del paese è legata alle lotte tra Pisa e Firenze, terminate con l’affermazione di quest’ultima come egemone di tutto il territorio toscano.

Dal 1606 al 1808 il comune, insieme a quelli di Lorenzana, di Rosignano e di Livorno costituivano il capitanato nuovo di Livorno.

All’epoca il comune comprendeva anche gli attuali territori dei comuni di Crespina e Collesalvetti: nel 1808, sotto Napoleone, venne istituito il Comune di Collesalvetti che, un secolo più tardi, nel 1902 insieme a Crespina, si staccò da Fauglia, divenendo autonomo.

Lo stemma e il gonfalone del comune sono stati concessi con decreto del presidente della Repubblica del 3 novembre 2010.

Il gonfalone è un drappo di rosso.